1988年11月16日,在意大利队1比0战胜荷兰队的友谊赛中,罗伯托·巴乔首次代表意大利国家队参赛。
1989年4月22日,意大利队在友谊赛中1比1战平乌拉圭队,罗伯托·巴乔在比赛的第65分钟打进了个人代表意大利国家队参赛的首粒进球。
1990年6月,罗伯托·巴乔以替补球员的身份跟随意大利国家队出征在本土举行的世界杯。6月19日,意大利队在小组赛最后一场对阵捷克斯洛伐克队,罗伯托·巴乔首发出场,完成了世界杯首秀,并在比赛的第78分钟沿球场左路与队友做了一个配合后长途奔袭打进一球,这粒进球被评为了该届世界杯最佳进球。7月7日,意大利队在三四名决赛中对阵英格兰队,罗伯托·巴乔在比赛的第72分钟帮助球队首开纪录,最终意大利队以2比1的比分夺得了世界杯季军。
1991年12月,意大利队在欧洲杯预选赛小组赛中排名第二,从而无缘1992年欧洲杯正赛,罗伯托·巴乔在整届预选赛出场3次,打进2球。
1992年至1993年,罗伯托·巴乔代表意大利国家队在世界杯预选赛中出场8次,打进5球,帮助意大利国家队晋级1994年美国世界杯正赛。
1994年6月,罗伯托·巴乔跟随意大利国家队出征美国世界杯。7月5日,意大利队在八分之一决赛中对阵尼日利亚队,罗伯托·巴乔在比赛的第88分钟扳平比分,帮助少一人作战的意大利队拖进了加时赛,加时赛上半场,罗伯托·巴乔又利用一记点球帮助球队逆转比分晋级。7月9日,意大利队在四分之一决赛2比1战胜西班牙队晋级半决赛,罗伯托·巴乔在比赛的第88分钟打进制胜球。7月13日,意大利队在半决赛2比1战胜保加利亚晋级决赛,罗伯托·巴乔在比赛中梅开二度。7月17日,意大利队在决赛中对阵巴西队,双方一直将0比0的比分延续到点球大战中,罗伯托·巴乔在队友已经射失两球的情况下第五个出场主罚,但罗伯托·巴乔罚出的球高出横梁,意大利队最终以2比3的比分获得世界杯亚军,罗伯托·巴乔以5粒进球获得了世界杯银靴奖,并入选世界杯最佳阵容。
1996年6月,罗伯托·巴乔没能入选时任意大利主教练阿里戈·萨基出征欧洲杯的大名单。
1998年6月,意大利新一任主教练塞萨尔·马尔蒂尼将罗伯托·巴乔带到了法国世界杯赛场。6月11日,意大利队在首场小组赛中2比2战平智利队,罗伯托·巴乔先是助攻队友克里斯蒂安·维埃里打进一球,随后又在比赛的第85分钟利用一记点球帮助球队扳平比分。在之后的比赛中,罗伯托·巴乔的场上位置逐渐被亚历桑德罗·德尔·皮耶罗取代。7月3日,意大利队在四分之一决赛对阵东道主法国队,罗伯托·巴乔在比赛中替补出场,并在之后的点球大战中罚进了意大利队的第一粒点球,但意大利队最终在点球大战中以3比4败北,无缘半决赛。
2000年6月,罗伯托·巴乔因状态低迷未能入选意大利出征欧洲杯的大名单。
2002年,在韩日世界杯开赛前,时任意大利主帅乔瓦尼·特拉帕托尼认为罗伯托·巴乔没有完全恢复健康,最终将他排除在出征世界杯的大名单之外。
2004年4月29日,在意大利队对阵西班牙的友谊赛中,罗伯托·巴乔进入了大名单,并首发出场完成了国家队生涯的最后一次比赛。
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